Kritiky vysoce ceněné, výtvarně nesmírně působivé, zároveň však hluboce temné anime se odehrává v polovině 15. století, v době kdy katastrofy a válečné běsnění proměnili Japonsko bezmála v zemi duchů. Hladem umírající matce se narodí chlapec, který dostane do vínku...
Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi...