Příběh se odehrává na ostrově, kde má mít své první vystoupení Uta, nejoblíbenější zpěvačka na celém světě, jejíž pravou identitu navzdory její popularitě nikdo nezná. Na její vystoupení se přijde podívat spousta fanoušků, včetně nadšených pirátů, a dokonce se...
V polovině října 1998 je Tomoe Enjou napaden rváči ze své bývalé školy a zachráněn Šiki Rjógim. Požádá ji, aby ho u sebe schovala, a přizná se, že někoho zabil. Několik dní po incidentu se o vraždě stále nevysílá, jako by se nestala.
Pátá válka o svatý grál pokračuje a následný chaos přináší všem účastníkům vyšší sázky. Shirou Emiya se nadále účastní války a usiluje o to, aby se stal hrdinou spravedlnosti, který všechny zachrání. Vydává se hledat pravdu o tajemném temném stínu a jeho...
Leden 1999: Mikiyova mladší sestra Azaka Kokutou dostala od své učitelky Touko Aozaki příkaz, aby vyšetřila jistý incident, při kterém víly ukradly vzpomínky studentů Azakovy školy, akademie Reien. Azaka se s pomocí Šikiho pustí do vyšetřování.
Širo Emija je mladý mág, který navštěvuje akademii Homurahara ve městě Fuyuki. Jednoho dne po úklidu školního lukostřeleckého dódžó zahlédne souboj nadlidských bytostí a zapojí se do Války o svatý grál, rituálu, v němž proti sobě bojují mágové zvaní Mistři se svými...
Červen 1998: Po dvou letech strávených v kómatu způsobeném dopravní nehodou se Shiki Ryougi probouzí s amnézií. Navštíví ji Touko Aozaki, čarodějka a majitelka studia Garan no Dou. Šiki ztratila nejen vzpomínky na svou nehodu, ale i jakýkoli reálný pocit, že vůbec žije....
Srpen 1995: Mikiya se poprvé setkává se Shikim v bílém kimonu během sněžného dne. Později, na slavnostním ceremoniálu prváků na střední škole, Mikiya zahlédne Shiki v davu, pronásleduje ji a představí se jí. Shiki však skrývá velké tajemství: Kolem spousty nevyjasněných...
Sakura se utápí v temnotě hříchů, které spáchala, a Shirouův slib, že ji bude za každou cenu chránit, ho přivádí do zuřivé bitvy o ukončení války o svatý grál. Dosáhne Shirouovo přání Sakury, i když se v zoufalé bitvě proti sílícímu přílivu postaví samotnému...
