Červen 1998: Po dvou letech strávených v kómatu způsobeném dopravní nehodou se Shiki Ryougi probouzí s amnézií. Navštíví ji Touko Aozaki, čarodějka a majitelka studia Garan no Dou. Šiki ztratila nejen vzpomínky na svou nehodu, ale i jakýkoli reálný pocit, že vůbec žije....
Pátá válka o svatý grál pokračuje a následný chaos přináší všem účastníkům vyšší sázky. Shirou Emiya se nadále účastní války a usiluje o to, aby se stal hrdinou spravedlnosti, který všechny zachrání. Vydává se hledat pravdu o tajemném temném stínu a jeho...
Širo Emija je mladý mág, který navštěvuje akademii Homurahara ve městě Fuyuki. Jednoho dne po úklidu školního lukostřeleckého dódžó zahlédne souboj nadlidských bytostí a zapojí se do Války o svatý grál, rituálu, v němž proti sobě bojují mágové zvaní Mistři se svými...
Leden 1999: Mikiyova mladší sestra Azaka Kokutou dostala od své učitelky Touko Aozaki příkaz, aby vyšetřila jistý incident, při kterém víly ukradly vzpomínky studentů Azakovy školy, akademie Reien. Azaka se s pomocí Šikiho pustí do vyšetřování.
