Clannad se odehrává na střední škole v nějakém japonském městě. Okazaki Tomoya je student třetího ročníku, který své studium nebere vážně. Vždy chodí pozdě na vyučování a ostatní spolužáci, kteří jsou zaneprázdněni přípravou na přijímací zkoušky, ho považují...
V roce 3195 došlo k válce mezi armádou robotů a lidmi. Když Shaian, vnímající bojové brnění, ztratil v bitvě svého společníka, vypnul se, dokud jeho vnitřní systémy nezaznamenaly nového člověka. Nyní je téměř o 1000 let později a Shaianův největší nepřítel je stále...
