Leden 1999: Mikiyova mladší sestra Azaka Kokutou dostala od své učitelky Touko Aozaki příkaz, aby vyšetřila jistý incident, při kterém víly ukradly vzpomínky studentů Azakovy školy, akademie Reien. Azaka se s pomocí Šikiho pustí do vyšetřování.
Shinji se po čtrnácti letech od třetího impaktu dostáva z Unit-01 a zjišťuje, že se změnil nejen svět, ale i lidé, které znal. Jeho nový známý Kawora mu vysvětlí situaci, o které všichni ostatní mlčeli. Když si Shinji uvědomí, že třetí impakt vznikl jeho zásluhou,...
